iTRAQ标记定量蛋白组学技术研究方法：2021年7月，海南大学园艺园林学院吴友根教授课题组等在《Horticulture Research》期刊发表了题为“Integrative iTRAQ-based proteomic and transcriptomic analysis reveals the accumulation patterns of key metabolites associated with oilquality during seed ripening of Camellia oleifera”的研究成果，通过RNA测序(RNA-seq)和iTRAQ标记定量蛋白组学技术研究方法，发现了油茶种子成熟过程中与油质相关关键代谢产物的积累模式特征，探究了不同成熟度油茶转录组和蛋白质组谱机理，描绘了海南油茶种子成熟过程的动态变化图谱。为该树种的遗传改良提供了理论依据。4D-蛋白组+代谢组双平台知识干货带您。广东蛋白组学全谱分析
随着质谱技术的飞速发展，特别是离子淌度的引入，增加了一个新的分离维度，将蛋白质组研究推进到全新的“4D蛋白质组”层面，打破了基于质谱的蛋白质组学研究的瓶颈，大幅度的提高扫描速度和检测灵敏度，带来蛋白质组学在鉴定深度、检测周期、定量准确性等性能的***提升，可以更好的解决大队列、复杂体系以及微量样本的检测。相比于timsTOF Pro，timsTOF Pro 2 配备了***一代双TIMS分析器，离子容量可提高三倍。经过简化的离子透镜比较大限度地提高了离子传输效率和灵敏度，为4D-多组学建立了新的标准。CCS 值的加入让组学结果更精细，也使timsTOF Pro 2成为转化组学应用不可或缺的工具。timsTOF Pro 2 能够实现少量细胞群或生物穿刺样本等低样本量的蛋白组定量分析以及磷酸化蛋白质组学分析，在短梯度下实现蛋白深度覆盖。广东蝙蝠蛋白组学蛋白质组与代谢组联合分析。
为了更好地了解DON对C2C12细胞分化的影响，作者进行了转录组学和蛋白质组学的整合分析。共鉴定了149个共同的***差异基因（co-DEG），其中91%被共下调（图3A）。15%的co-DEG属于真核细胞骨架，其中大部分属于肌动蛋白丝，少数是中间丝和微管的成分。对co-DEG进行GO分析，生物学过程富集了“骨骼肌肌球蛋白粗丝组装”和“快肌纤维收缩的正向调节”条目。细胞组分中富集的**个条目是“纤维蛋白原复合物”、“细胞外空间”、“细胞外基质”、“细胞外区域”和“蛋白质细胞外基质”，这些都是细胞外成分（图3B）。结果表明，DON主要影响肌肉成分的组成和功能以及多种细胞外成分的表达。通路富集分析富集到了“ECM-受体相互作用”、“蛋白质消化和吸收”、“人**瘤病毒***”和“粘着斑”等通路。
TMT蛋白质组学探究案例：2021年9月，安徽农业大学张照亮教授课题组在Journal of Agricultural and Food Chemistry期刊发表了题为“Nitrogen-Regulated Theanine and Flavonoid Biosynthesis in Tea Plant Roots: Protein-Level Regulation Revealed by Multiomics Analyses”的研究成果，通过TMT蛋白质组学和泛素化蛋白质组学研究方法，发现了氮缺乏条件下茶树根部响应的差异表达蛋白和泛素化蛋白质，为茶氨酸和黄酮类生物合成的调控提供了新的见解，为茶树翻译后修饰调控次生代谢的研究提供了理论依据。蛋白质组学基本策略 研究基础 研究内容 研究意义背景。
运用生物技术：磷酸化蛋白质组学（欧易鹿明提供）：2022年1月，***医学研究院生物工程研究所钟辉研究员、魏从文副研究员和秦成峰研究员，广西医科大学附属**医院吴飞翔教授等为共同通讯作（一作：万禄明、邓永强、柯跃华、麻恩浩、杨欢、林浩天）在Nature Metabolism期刊发表的题为“GP73 is a glucogenic hormone contributing to SARS-CoV-2-induced hyperglycemia”的研究成果，通过磷酸化蛋白质组学、LC-MS靶向代谢组学等研究方法，发现了一个全新的糖异生调控***——GP73，***会诱导GP73的产生和分泌，从而导致过度的糖异生。蛋白组学研究组织,血液,植物,尿液,动物,细胞样品,酵母,微生物.。浙江蛋白组学测序调整阈值
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4D蛋白组学：tims TOF Pro2依赖于双捕集离子淌度（TIMS）和同步累积连续碎裂（PASEF）数据采集模式两大创新技术，可实现快速采集、更高的灵敏度和特异性。同时，其配备了***一代双 TIMS 分析器，离子容量可提高三倍，比较大限度地提高了离子传输效率和灵敏度，让蛋白质组学分析再上一个新的台阶，鹿明生物同时配备了Evosep One高通量色谱使其在短梯度下也能实现蛋白深度覆盖，结果更精细，也成为转化组学应用不可或缺的工具。更高扫描速度：助力临床大队列项目研究，更高覆盖深度：助力蛋白组鉴定到更多的蛋白数量，超高灵敏度：助力微量样本蛋白组分析，鉴定更可信：助力蛋白或化合物更高可信度的鉴定。广东蛋白组学全谱分析
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