影响洁净实验室的气流因素很多，如制程设备、人员、洁净室组装材、照明器具等，同时对于生产设备上方气流的分流点，亦应列入考虑因素。一般操作台或生产设备等表面的气流分流点，应设于洁净实验室空间与隔墙板间距2/3之处，如此可使作业人员工作时，气流可从制程区内部流向作业区，而将微尘带走：若分流点配置在制程区前方，将成为不当的气流分流，此时大部份的气流将流至制程区之后，作业员操作所引起的尘埃将被带到设备后面，工作台因而将受到污染，良率也势必降低。直流式系统就是不用回风循环系统，也就是直送直排系统，其能耗很大。浙江医院实验室建设
微生物洁净实验室所使用的仪器和设备须经鉴定或校准合格，有状态标识。仪器和设备建立操作规程、使用记录和监控记录。并长期进行使用监测、维护和保养。微生物洁净实验室所使用的培养基须经适用性检查、pH值检查合格，定期进行稳定性检查，并按标准制备、贮藏。培养基应采用经验证的灭菌程序灭菌。洁净实验室环境监控的培养基采用终端灭菌，在使用前进行100%预培养。微生物洁净实验室在使用前和使用后应进行消毒，所使用的清洁剂和消毒剂既能杀死很多的微生物、无毒害、无腐蚀性，又应性能稳定、作用快、残留少。定期更换消毒剂以防止产生耐受菌株。浙江医院实验室建设洁净实验室内工作台的高度约80cm，工作台应保持水平。
微生物洁净实验室空调系统的主要目的是保护实验人员的安全，防止沾染细菌和病毒，保护实验样品的安全，防止污染，确保实验结果的准确性。其建设要点包括：工艺布局合理，根据需要设置更衣、风淋和缓冲间，做到人流、物流、污物流三流清晰，避免交叉沾染；装饰材料应易于清洁消毒、耐腐蚀、不起尘、不开裂、光滑防水，相交位置做圆弧处理，无缝对接；空调净化系统的划分应有利于实验室的消毒灭菌、自动控制系统的设置和节能运行；采用洁净空调系统，设粗、中、高三级空气过滤器，排风与送风连锁；气流有序，由清洁区向半污染区和污染区流动。
大量研究表明，微生物洁净实验室空气污染来源主要是人员活动、身体排出、实验器材处理以及污物处理所产生，因此，这些污染可能含有许多致病微生物，常见的污染微生物种类有病毒、细菌、藻类和孢子。研究证明，空气中浮游微生物，多数都粘附在灰尘载体上，很少单独存在。所以，空气中灰尘多，细菌就会多。一般情况下，空气中浮游菌的含量及其变化规律与≥3~5μm的尘粒变化规律具有相关性。侧定证明，空气中细菌粒子数与4~5μm尘埃粒子基本相同；过滤材料对1.5μm粒子滤除效率为100%，则过滤后检侧不出细菌。所以，在Ⅱ~Ⅲ级生物洁净实验室采用中效加高效过滤装置即可满足洁净度要求。一般洁净洁净室的气流速度是选0.25-0.5m/s之间。
洁净实验室内，对于大部分机械仪器与设备在实验室内的洁净要求都是通过相对正压维持的，但是，针对有毒、有害的气体或者是易燃易爆的溶剂都有相对特殊的要求，有时必须采取相对负压形式控制。洁净实验室要保持不受污染并维持住洁净等级参数，要保持住一定的正压这是重要的因素之一，即使是负压的洁净室，它也不能够低于相邻实验室所维持的正压，只有这样负压实验室的洁净度才能够保持。而对于洁净实验室的正压是指在门与窗都关闭的情况下，室内静压大于室外静压所产生的数值。所以，数值的产生是通过净化系统送风量大于回风量。全循环系统即无新风供给，也无排风的系统。浙江医院实验室建设
实验室净化工程应注意的事项:运用电器设备应特别仔细，切不可用湿润的手去开启电闸和电器开关。浙江医院实验室建设
在洁净实验室内，为了排出工艺过程中散发出的有害物质，经常采用通风柜、排气罩等局部排风装置。在设计局部排风时，必须掌握效果与经济统一的原则，但应当注意以下几个问题。①选用性能好的排风装置，以便在满足卫生和安全的要求情况下，使排风量减少。②排风系统应以分散为主,尽可能每个洁净实验室单独设置排风系统，效果较好，使用方便，且不会相互干扰，于通风机小，噪声也低。③为了防止室外空气通过排风系统侵入洁净实验室内造成污染，在排风系统上应设置止回阀或中效过滤器，或废气净化设备。④为了减少对室内的污染，排风装置应布置在洁净实验室工作区气流的下风侧。⑤如果排风系统的噪声值超过室内允许噪声值时，应在排风机吸入端的管道上装置消声器。浙江医院实验室建设