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厦门BD Rhapsody单细胞平台

来源: 发布时间:2022年07月09日

什么时候要用到去死细胞的操作呢?跟进烈冰生物多年单细胞测序服务经验来看,当细胞悬液进行质量和活性检测后,考虑对细胞活性在50%-70%的悬液进行去除死细胞的操作。而太低活性的悬液(小于30%),悬液中细胞大量死亡,可能已经丢失了原组织内的细胞比例和状态,失真严重,建议重新收集样本进行新的实验,保证数据的高质量和实验结果的准确性。但需要注意到,去除死细胞的操作会损失一定的细胞数量,因此希望您在提供样本时,尽可能提供足量的细胞,以备实验过程中可能存在的细胞死亡的问题,BD Rhapsody单细胞捕获平台对样本起始细胞量的要求较低,一般提供10万个细胞以上均可满足需求,特殊样本可详细咨询烈冰生物。BD 单细胞捕获平台搭配BD Scanner,全流程实时质控,项目质量尽在掌握。厦门BD Rhapsody单细胞平台

针对单细胞测序的细胞数量判断环节:主要是对细胞数量、基因表达量、测序质量进行整体描述。过滤标准:由于细胞破碎后游离RNA会释放到环境或孔中,并且测序中也会存在一些死细胞,导致数据存在background值。因此,我们需要设定一定的标准来过滤掉假细胞或死细胞。以10× Genomics为例,细胞数量判断主要通过分析UMI Counts-Barcode曲线斜率拐点,当存在多个斜率拐点的时候,结合预期UMI=500时的细胞数量进行过滤。当斜率拐点低于UMI=500的时候,选择UMI=500作为细胞的判断的标准;否则,选择和预期细胞数量接近的拐点作为细胞判断的位置。这样我们能够有效获得真实的并且在基因数量上可以分析的数据。云南BD单细胞多组学测序BD平台基于cyto-seq技术,实现细胞和磁珠的一对一结合。

对于单细胞测序而言,常常需要先构建细胞图谱,在此基础上再开展后续各项分析,并且数据分析时以细胞聚类(cell cluster)为讨论对象,而不是像常规Bulk测序一样以组别为分析对象,因此单细胞测序项目对样本入组要求没有Bulk测序那样严格,但是单细胞测序,特别是目的为图谱研究时,需要通过提高样本复杂度(增加样本数),尽可能的构建某一疾病类型、群体细胞图谱信息。因此,单细胞测序实验设计时首先需要保证生物学重复,不同样本来源的样本建议单独进行细胞解离和捕获、建库、测序,以保证捕获到足够的细胞数,单个样本分别捕获细胞时,后续分析除了整体分析以外,还可以做单样本分析,保证分析的完备准确性。

所谓的高通量测序技术,又名大规模平行测序,是将 DNA(或者 cDNA)随机片段化、加接头,制备测序文库,通过对文库中数以万计的克隆(colony)进行延伸反应,检测对应的信号,获取序列信息。与传统测序法(Sanger法等)相比,高通量测序技术在处理大规模样品时具有明显的优势,又快(两天)又多(数百万克隆),成为目前组学研究的主要技术。单细胞测序是一个系统的工程,开展项目前您可能会先评估它提供的见解是否与您的研究问题相匹配,如果匹配,实验过程如何规划,实验平台如何选择,样本如何制备,数据如何分析等等,而在这一切开始之前,我们的服务就已经开始了,从销售到实验到专业技术支持,我们开通全线对接渠道,帮助您快速定位项目诉求,提供从实验设计到文章发表的全流程,我们始终是您贴心的科学合作伙伴。烈冰生物为您提供多平台一站式全流程BD单细胞测序服务。

Single Cell Sequencing技术,即利用优化后的高通量测序技术(NGS,Next Generation Sequencing)分析每一个单个细胞的序列信息,从而更高分辨率地揭示细胞间的细胞差异以及其在微环境中的功能情况。那么问题来了,如何获得单个细胞?如果无法获得单个细胞这一切都是不成立的;如何获得大批量的单个细胞?单个组织细胞群体通常在百万级别以上,如果被检测的测序细胞数量过小精确度不足;如何低成本地获得大批量单个细胞?单细胞测序成本非常高,尤其是需要测2000~3000个以上的细胞的时候,如果单个细胞的分选成本也很高,技术根本无法普及。所以,正因为这些问题的存在使得高通量测序在单个细胞测序应用中的普及度一直不足,直到几个单细胞测序突破性技术的诞生。BD Scanner,是您实验过程的又一双眼睛,实时监测,精细质控。武汉BD单细胞实验服务

测序的革新让科学研究从个体基因差异逐渐转为个体细胞的基因差异。厦门BD Rhapsody单细胞平台

烈冰生物搭建近10台BD Rhapsody平台,目前为全国范围内的高校、医院和研究所等单位的科研学者提供服务,BD Rhapsody平台采用U型微孔板,1个板即对应1个样本(不混样的情况下),每个通道一般捕获细胞数在1000-10000个之间,而上限可捕获40000细胞时也能获得较低的双细胞率,此外,单个细胞捕获效率高达80%,可准确鉴别稀有细胞类型,有利于稀有样本或小细胞量类型样本研究;细胞可适性高,对细胞大小(直径超过40um细胞需要制备成细胞核)及类型无限制。细胞捕获周期较短,能够实现自动分离,且实验端捕获细胞过程全程可视化进行,保障每一例珍贵样本实验的成功进行,1天内可完成从细胞悬液到cDNA文库构建的所有的测序准备工作。厦门BD Rhapsody单细胞平台

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