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上海烈冰生物单细胞转录组测序

来源: 发布时间:2022年07月09日

基因和基因产物并不是单独运作的,而是参与了相互关联的复杂通路、网络和分子系统,这些合在一起实现了细胞、组织和生物体的运作。定义这些系统并确定它们的特征和相互作用,对于了解生物系统如何运作至关重要。”为了推动科学发现,科学家们需要各种能够帮助多方位了解其样本的潜在生物复杂性的研究工具。对于越来越多的研究人员来说,单细胞RNA测序和单细胞多组学——即在单细胞分辨率下对基因表达及其他基于DNA、RNA或蛋白质的分析物进行定量分析的基因组方法——在帮助解决他们面临的生物学问题上已证实是行之有效的。BD Rhapsody平台在细胞捕获过程中没有偏好性,可同样无差别捕获中性粒细胞。上海烈冰生物单细胞转录组测序

据不完全统计,截至2022年6月,烈冰生物助力发表单细胞文章近40篇,从平台应用比例来看,应用10X Genomics和BD Rhapsody两大平台发文比例各占50%左右,研究类型涵盖疾病发展,靶点探索,免疫研究,神经发育,干细胞分化,植物发育,退行病变,糖尿病,COVID-19等等研究;从发表期刊水平来看,烈冰生物联合发表的单细胞文章,CNS一区期刊占比在30%以上,其中包括immunity三篇,Nature子刊3篇(Nature cell biology,Nature Plants,Nature communication),风湿类领域ARD期刊1篇,CUT 1篇,Advanced Science多篇,IF大于10分以上文章占比高达68.5%,烈冰专属单细胞测序服务团队,将与您携手谱写下一篇“高分”新文章。浙江BD VDJ单细胞实验平台助力探索生命时空多维度的动态变化的生物学信息;助力医疗健康时代!

关于BD Rhapsody单细胞平台的样本类型和样本制备 :在上机前需要注意细胞消化后的细胞团块,获得分离良好的细胞悬液、且细胞活力高(>70%);此外,了解您所研究细胞的大小范围也很重要。细胞大小通常与细胞表达的转录本数量有关。各种尺寸不同的细胞(一般直径不大于50μm)均可与我们基因表达解决方案中使用的BD Rhapsody平台兼容。一般来说,细胞制备方案将根据组织来源和细胞类型而变化。每种组织类型都是独特的,因此,必须在开始任何单细胞实验之前优化样本制备,烈冰多年样本解离消化经验,累积10+物种、50+组织的消化protocol,若您的样本为组织,且尚未成功将组织样本消化成单细胞悬液,烈冰将尽可能提供技术及实验上的帮助。

关于单细胞测序实验样本制备,这与流式细胞术用户熟悉的步骤完全一致,也就是通过酶促或机械消化、细胞分选或其他细胞分离技术从整个样本中制备生成活的单细胞悬液。随后是细胞计数和质量控制步骤,以确保您的样本有适当浓度的活细胞,并且不含细胞团块和死细胞碎片。如有必要,您还可以使用抗体对样本进行染色,标记细胞表面蛋白或其他生物分析物,或者通过FACS来富集感兴趣的细胞类型。解离样本时采取的具体步骤将根据您的起始材料和实验目标而定。也许需要额外的制备步骤,具体取决于组织质量、样本丰度、细胞大小,以及是否需要提取出细胞核进行染色质可接近性分析。无论具体的考虑因素如何,所有样本类型都遵循同一个基本原则,那就是生成高质量的单细胞悬液。BD Scanner,是您实验过程的又一双眼睛,实时监测,精细质控。

单细胞获得困难,不同组织要求不尽相同难以搞定? 烈冰2000+项目消化经验,100+组织类型解离protocol,精心设计不同组织实验的解离、细胞悬浮实验体系,确保单细胞的获得。 冻存样本无法实验,珍贵样本无法使用? 烈冰采用国际认可的冻存组织复苏技术以及死细胞过滤技术,确保冻存组织使用。 珍贵样本,细胞数量太少,消化背景杂无法做单细胞? 采用国际认可的10X Genomics,BD Rhapsody双平台模式,根据样本实际情况和用户需求提供客观有效的实验方案,细胞量少,背景杂也能做单细胞。 单细胞RNA分类精度不足,部分细胞无法细分? 烈冰同时采用单细胞蛋白质组与单细胞转录组测序技术,真正做到从上游到下游的全流程检测,确保超高的细胞分类精度。此外,烈冰开展了单细胞转录组、单细胞多组学以及空间转录组等多种产品在内的全套科研解决方案,欢迎垂询。湖州BD单细胞转录组测序

单细胞测序是高通量测序下的又一重大技术突破。上海烈冰生物单细胞转录组测序

根据烈冰多年单细胞测序服务经验,为什么不建议您一味的追求高细胞数量的捕获:单细胞测序所有的分析都是基于细胞聚类进行,而细胞聚类是在区分cell和non-cell后,获得细胞基因表达谱,通过降维(pca),无监督聚类以及可视化(t-SNE)得到的。进行细胞聚类时需要考虑到每个细胞的基因表达模式,因此即使是相同的数据,在剔除几个细胞的情况下,前后获得的聚类图也会出现明显不同。而当细胞捕获数过多时,无论是假阴性和假阳性数据还是多细胞数据,都会对正常细胞聚类产生影响,造成聚类结果失真。这也是很多文章,特别是很多高分文章,为什么单个样本捕获细胞数在2000-3000的原因了。烈冰建议单个样本捕获细胞数在3000-5000个时,数据量在100G左右时,可以满足分析和文章发表的多重需求。上海烈冰生物单细胞转录组测序

上海烈冰生物医药科技有限公司位于江月路999号奇亚特中心22幢,交通便利,环境优美,是一家服务型企业。烈冰生物是一家有限责任公司(自然)企业,一直“以人为本,服务于社会”的经营理念;“诚守信誉,持续发展”的质量方针。公司拥有专业的技术团队,具有单细胞测序,生物大数据云分析平台,空间转录组测序,单细胞多组学测序等多项业务。烈冰生物以创造***产品及服务的理念,打造高指标的服务,引导行业的发展。

标签: 单细胞
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