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浙江BD单细胞转录组测序

来源: 发布时间:2022年07月09日

为什么需要单细胞分辨率? 生物学就像宇宙一样。它非常复杂,有许多独特的单体,也就是细胞。这些细胞相互作用并扮演不同的角色,在更大的体系中构建并驱动多个过程。就像伽利略探索宇宙的努力一样,发现和定义这些细胞也需要高分辨率的工具,才能解开促成生物学复杂性的基因表达异质性。单细胞测序能够在以一个细胞为功能单位中开展生物学研究,阐明具体细节,构建出一幅更大、更精细的图谱,说明导致产生某种外在表型的不同类型的分子和细胞之间是如何相互作用的:患者为什么会复发?是什么让这种疫苗能够有效防止传染等等诸多问题。烈冰斥巨资引进Novaseq6000,开启更大通量测序新纪元。浙江BD单细胞转录组测序

烈冰生物BD Rhapsody平台,采用精简的工作流程助力您的实验成功: 1.制备单细胞悬液:可使用碧迪医疗单细胞多样本分析试剂盒和 /或BD Ab-seq寡核苷酸偶联抗体( Ab-Oligos)将细胞染色 2.微孔板预充和处理:使用自动移液器进行液体交换 3.单细胞捕获工作流程: (1)细胞上样:上样 575微升细胞悬液;系统未采用微流体通道设计,无需担心通道堵寨;通过重力轻轻沉淀细胞,可捕获脆弱细胞,BD Rhapsody微孔板包含大于220,000个分区,可在低双细胞率下捕获多达40000个细胞 (2)细胞上样扫描:估算捕获的活细胞数量和细胞多态率 (3)磁珠上样:微孔的正六边形几何形状和尺寸可防止磁珠多重分配在微孔中 (4)磁珠上样和磁珠洗涤扫描:估算包含活细胞和磁珠的微孔数量;测定细胞存留率,评估是否发生细胞损失 (5)细胞裂解:使用裂解缓冲液,确保细胞完全裂解 (6)磁珠回收:轻松、高效地磁性回收磁珠并采用Scanner扫描磁珠回收情况深圳BD单细胞多组学测序单细胞测序技术提供了单个细胞水平下的科学研究视角。

针对单细胞测序的细胞上样数,为什么不建议捕获到的细胞数量越高越好?一味地追求高数量的细胞捕获可能会存在一些问题。例如在上机细胞悬液浓度固定时,如果目标细胞捕获数增加到8000甚至10000,上样细胞悬液体积势必增加,在细胞悬液质量不是很理想(细胞活性<90%、碎片率>5%、结团率均>5%)的情况下,引入的背景信号会增加,分析结果不理想的直接体现包括:cell、non-cell无法有效区分和Fraction reads in cells偏低。当cell和non-cell无法有效区分时,会使得数据出现假阳性和假阴性结果!当目标细胞捕获数很大时,多细胞率会增加,数据分析时,此部分“cell”表现为基因检测数和UMI检测数是正常cell的N倍(N是一个GEM包裹的细胞数),导致所有细胞的统计数据(单个细胞基因检测中位数、单个细胞UMI检测中位数)虚高。此部分“cell”虽然可以通过设置数据分析阈值进行过滤,但是容易会有此类数据的残留和正常高基因检测细胞的人为去除!

针对单细胞测序数据分析时的reads数、基因表达量及细胞数量判定过程中:以捕获5000个细胞、100G的测序量为标准,每个细胞的reads数大约在50k左右;每个细胞的基因中位数取决于样本的细胞类型,例如成熟的B,T,粒细胞数量较多的组织中,由于该类型细胞表达的基因数普遍较少,导致基因中位数下降。而某些疾病组织、或者体外培养的如干细胞等,他们的基因表达数较高,甚至可以超过1W,这就导致该类样本基因中位数非常高。因此,我们对细胞数量以及基因中位数确认时,需要考察实际组织的细胞组成。烈冰单细胞多组学测序助您探究细胞类型特异性和基因调控网络特征。

单细胞获得困难,不同组织要求不尽相同难以搞定? 烈冰2000+项目消化经验,100+组织类型解离protocol,精心设计不同组织实验的解离、细胞悬浮实验体系,确保单细胞的获得。 冻存样本无法实验,珍贵样本无法使用? 烈冰采用国际认可的冻存组织复苏技术以及死细胞过滤技术,确保冻存组织使用。 珍贵样本,细胞数量太少,消化背景杂无法做单细胞? 采用国际认可的10X Genomics,BD Rhapsody双平台模式,根据样本实际情况和用户需求提供客观有效的实验方案,细胞量少,背景杂也能做单细胞。 单细胞RNA分类精度不足,部分细胞无法细分? 烈冰同时采用单细胞蛋白质组与单细胞转录组测序技术,真正做到从上游到下游的全流程检测,确保超高的细胞分类精度。烈冰生物全国五大实验中心,多地部署BD Rahpsody平台,助您的样本更快速抵达“战场”。BD Rhapsody单细胞平台

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标签: 单细胞
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