动脉粥样yin化是心血管系统中的常见病、多发病，以血管内膜形成粥样斑块或纤维斑块为特征，是冠xin病、脑梗死、心肌梗死等的主要病因。在血管平滑肌细胞中，PINK/Parkin表达增加，由此介导的线粒体自噬水平增强，从而减缓动脉粥样yin化的进展，是动脉粥样yin化发病的保护因素。有研究证明，在动脉粥样yin化模型的血管平滑肌细胞中线粒体自噬水平降低，对功能障碍的线粒体清chu减少，导致细胞供能减少，细胞凋亡增加，提示可以通过抑制PTEN-PINK1/Parkin介导的线粒体自噬促进细胞凋亡。疫苗是预防肝病发生比较经济有效的方式，疫苗都与自噬关系密切。福建mRFP-GFP-LC3双荧光自噬慢病毒
生理条件下，PINK1前体在内质网中合成后，凭借N端的线粒体定位序列被线粒体外膜转运酶识别并转入线粒体基质。当PINK1进入线粒体基质后，其N端信号肽被降解为成熟的PINK1，成熟的PINK1进入线粒体基质后被蛋白酶体识别清chu，从而维持基础水平。而线粒体受损时，线粒体膜电位发生变化，线粒体外膜去极化，阻碍PINK1进入线粒体，同时对PINK1的降解能力下降。因此，有活性的PINK1可以稳定聚集在线粒体外膜蛋白上，从而募集并激huoParkin，使其磷酸化。磷酸化的Parkin可以泛素化线粒体受体蛋白，后者泛素化后可与自噬受体调节蛋白等结合，形成泛素化的线粒体，从而激huo泛素相关的蛋白酶体途径，实现线粒体降解。河南GFP-LC3单荧光自噬槲皮素、汉黄芩苷等可诱导细胞自噬，而β-细辛醚、丹酚酸B、人参皂苷Rg1则具有抑制细胞自噬的作用。
自噬的步骤可以大概总结为下面四步：步骤1：细胞接受自噬诱导信号后，在胞浆的某处形成一个小的类似「脂质体」样的膜结构，然后不断扩张，但它并不呈球形，而是扁平的，就像一个由2层脂双层组成的碗，可在电镜下观察到，被称为Phagophore，是自噬发生的铁证之一。步骤2：Phagophore不断延伸，将胞浆中的任何成分，包括细胞器，全部揽入「碗」中，然后「收口」，成为密闭的球状的autophagosome，即「自噬体」。电镜下观察到自噬体是自噬发生的铁证之二。有2个特征：一是双层膜，二是内含胞浆成分，如线粒体、内质网碎片等。步骤3：自噬体形成后，可与细胞内吞的吞噬泡、吞饮泡和内体融合（这种情况不是必然要发生的）。步骤4：自噬体与溶酶体融合形成autolysosome，期间自噬体的内膜被溶酶体酶降解，二者的内容物合为一体，自噬体中的「货物」也被降解，产物（氨基酸、脂肪酸等）被输送到胞浆中，供细胞重新利用，而残渣或被排出细胞外或滞留在胞浆中。
Tau蛋白是一种微管结合蛋白, 在AD中, Tau蛋白异常磷酸化形成神经纤维缠结。有证据表明, 可溶性Tau蛋白和Tau的聚集体都可以通过自噬进行清chu, 利用3-MA抑制自噬促进Tau聚集体形成会增加神经毒性。反之, 过表达Tau蛋白的果蝇给予自噬激huo剂——雷帕霉素能降低Tau蛋白聚集和神经毒性。Tau的截短突变体TauRDΔK280含有促聚集的 重复结构域, 在引发Tau聚集的过程中发挥“种子”的作用。有趣的是, Tau主要通过巨自噬进行清chu, 而TauRDΔK280则主要通过分子伴侣介导的自噬进行清chu。在自噬过程中，通过压力诱导自噬后，细胞质物质被自噬体的双膜结构隔离。
虽然自噬促进剂和自噬阻止剂在临床应用中有广阔的前景，但许多分子存在特异性不足的问题，限制了它们的实际应用。例如，mTOR作为细胞中的一个重要的能量感受器，调控自噬只是其下游众多信号通路中的一个，故而，旨在改变自噬水平的mTOR阻止剂/激动剂，存在许多可能不利于总体疗效的副作用，这限制了雷帕霉素在调整神经退行性疾病中的应用。又例如，氯喹或羟氯喹可以通过扰乱溶酶体功能阻止自噬，增强化疗药物的作用，但其免疫阻止作用有可能不利于总体的抗病效果。自噬并不引发细胞死亡，相反促进细胞存活。自噬是吞噬自身细胞质蛋白或细胞器并使其包被进入囊泡，并与溶酶体融合形成自噬溶酶体，降解内容物的过程。大连电镜检测自噬
线粒体自噬属于选择性自噬，其主要作用是降解细胞中损伤以及不需要的线粒体。福建mRFP-GFP-LC3双荧光自噬慢病毒
过继免疫细胞治理是指将具有抗瘤效应的自体或异体细胞在体外进行诱导、启动或修饰并扩增后回输给瘤患者，再转移到病灶，以达到治理及预防复发之目的，常用的过继细胞有细胞因子诱导的杀伤细胞（CIK）、瘤浸润淋巴细胞（TIL）以及基因修饰T淋巴细胞。自噬可促进自然杀伤细胞（NK细胞）成熟，并调节NK细胞内部稳态和抗瘤作用，且自噬可通过细胞因子途径或ROS途径调控T淋巴细胞胞内稳态、免疫功能及记忆T淋巴细胞的产生等，故理论上来说自噬在该治理中影响较大，但可能该治理现开展较少，尚未有针对自噬的药物联合其治理肝病的研究报道。福建mRFP-GFP-LC3双荧光自噬慢病毒