自噬阻止剂可以通过阻止自噬通路中的某种蛋白来实现阻止自噬，也可以通过直接扰乱溶酶体功能来阻止自噬，因为溶酶体是自噬完成的关键场所。氯喹和羟氯喹是两种临床中常用的药物，较早它们被用于调整疟疾，后来又发现其对SLE等病有效，它们都是通过降低溶酶体酸性、扰乱溶酶体功能来阻止自噬的。这些分子现在也在临床实验中与化疗药物联用以降低耐药性。解决特异性不足的一个未来的研究方向，是针对特异性更高的靶点（即该蛋白只存在于自噬通路中）开发阻止剂/激动剂。另外，针对系统性的脱靶效应，可以通过靶向递送的方式将脱靶效应降至较低，例如将自噬阻止剂与化疗药物连接在同一个靶向到病变的药物载体上，使其只影响病变中的自噬水平而不干扰免疫系统。在细胞遭受代谢应激、药物调整和放射性损伤时，自噬也是维护基因完整性的重要机制。江苏自噬荧光
在荧光显微镜下采用GFP-LC3等融合蛋白来示踪自噬形成（常用）：GFP-LC3单荧光指示体系。由于电镜耗时长，不利于监测（Monitoring）自噬形成。我们利用LC3在自噬形成过程中发生聚集的现象开发出了GFP-LC3指示技术：无自噬时，GFP-LC3融合蛋白弥散在胞浆中；自噬形成时，GFP-LC3融合蛋白转位至自噬体膜，在荧光显微镜下形成多个明亮的绿色荧光斑点，一个斑点相当于一个自噬体，可以通过计数来评价自噬活性的高低。研载生物已开发出高效的评价用GFP-LC3病毒载体，通过瞬时高效传染细胞，配合活细胞工作站成功评价自噬流。吉林细胞自噬GFP-LC3B自噬的信号通路非常复杂，有许多蛋白都可作为调控自噬的靶点，并针对其开发药物。
自噬可通过调控免疫来发挥抗瘤作用。多种人类实体瘤细胞中都存在自噬活性的改变，且研究表明自噬与瘤免疫应答具有很大的相关性。在瘤固有的免疫中，自噬可参与瘤相关巨噬细胞分化，进而影响瘤的新生血管生成、免疫抑制和侵袭转移，当自噬受抑制时，巨噬细胞向M2型分化，促进瘤血管生成；反之巨噬细胞向M1型分化，抑制瘤的进展。在瘤的特异性免疫中，自噬在T淋巴细胞存活、发育、稳态及功能调节中发挥重要作用，有研究表明自噬缺陷的T淋巴细胞内线粒体数量异常增加，ROS增加，所以自噬可能通过细胞稳态影响T淋巴细胞发挥功能；还有研究表明自噬缺陷的B祖细胞不能发育成为前体B淋巴细胞；自噬还可参与抗原递呈过程，一方面自噬形成的降解产物可以被递呈到主要组织相容性复合物Ⅰ或Ⅱ类分子表面增强特异性免疫应答，另一方面，瘤自噬小体可作为树突状细胞（DC）的交叉递呈抗原，更有效地提升CD8+T淋巴细胞应答能力。
自噬紊乱也可能在类风湿性关节炎、多发性硬化等其他自身免疫病的发生中起到一定作用。自噬的信号通路非常复杂，有许多蛋白都可作为调控自噬的靶点，并针对其开发药物。按照对自噬功能的影响，这些分子大体可分为自噬促进剂和自噬阻止剂两类。自噬促进剂一般通过模拟饥饿或营养缺乏来实现对自噬的刺激作用。这一类分子较常见的是TOR激酶（mTOR）阻止剂。由于mTOR是细胞中主要的能量感受器，阻止mTOR相当于模拟细胞饥饿时的状态。如前文中的机理所述，阻止mTOR会解除Atg13的磷酸化，进而唤醒自噬。有几种mTOR阻止剂已经进入市场，例如雷帕霉素（Rapamycin,又称西罗莫司Sirolimus）、依维莫司（Everolimus）和索拉非尼（Sorafenib）。自噬可以为细胞的再生和修复提供原料，实现细胞内物质的循环利用。
自噬能清chu错误折叠以及易形成聚集倾向的突变蛋白, 因此活化自噬对神经退行性疾病的zhiliao前景已经取得了共识。自噬与中流关系很早的证据来自于对Beclin 1的遗传研究。40%～75% 的人乳腺 ai、卵巢ai和前列腺ai患者中都带有BECN1单等位基因删除, 临床研究也揭示了Beclin 1表达异常与中流侵袭表型相关。在小鼠中的研究显示, BECN1单等位基因缺失, 即Beclin 1+/-小鼠显示出自发中流倾向, 表明Beclin 1是一个“单基因功能不足”的中流抑制基因。除了Beclin 1, 多种中流中也观察到了其他自噬相关基因遗传改变。例如Atg5缺失导致了血液系统中流、结肠ai和胃ai中UVRAG出现无义突变等。对于缺血初期的心肌细胞来说，细胞自噬增强，此时的细胞自噬主要起保护作用，防止心肌细胞过度死亡。福建药物治疗自噬
自噬阻止剂可以通过阻止自噬通路中的某种蛋白来实现阻止自噬，也可以通过直接扰乱溶酶体功能来阻止自噬。江苏自噬荧光
电镜作为自噬检测的金指标。由于自噬体属于亚细胞结构，普通光镜下观察不到自噬体的形成，因此，直接观察自噬体需在透射电镜下。Phagophore的特征为：新月状或杯状，双层或多层膜，有包绕胞浆成分的趋势。自噬体（AV1）的特征为：双层或多层膜的液泡状结构，内含胞浆成分，如线粒体、内质网、核糖体等。自噬溶酶体（AV2）的特征为：单层膜，胞浆成分已降解。WB检测标志物LC3/Atg8、p62/SQSTM1、Lamps、Atg5、Atg14和Beclin-1；
组织蛋白酶Cathepsin活力检测；
IF检测自噬潮autophagic flux。 江苏自噬荧光